آیت الله حسینی بوشهری در مراسم جشن دانش‌آموختگی نخستین دوره دانش‌پژوهان سطح سه استان تهران که در موسسه آموزش علوم دینی قاسم بن الحسین(ع) تهران برگزار شد فرمودند: رسالت امروز حوزه‌هاي علميه را بسيار خطير‌تر از گذشته توصيف کرد و اظهار داشت: امروز حوزه ما حوزه 10 سال قبل نيست، حوزه‌ها در برابر آزموني بزرگ قرار دارند؛ صحنه امروز ميدان کشمکش و هماوردي مکتب‌هاست و نداي «هل من مبارز» در داخل و خارج و از همه مسيرها و فضاها ما را به مبارزه و پاسخگويي مي‌طلبد.
آيت‌الله حسيني بوشهري با اشاره به بيانات مقام معظم رهبري که تاکيد داشتند حوزه از نظر زمان نبايد عقب باشد گفت: با توجه به پيشرفت‌هاي حيرت انگيز در عرصه جهاني از حوزه‌هاي علميه انتظار مي‌رود پا به پاي اين پيشرفت حرکت کنند. امروز هجمه دشمنان متفاوت شده و بايد بپذيريم که در حوزه‌هاي علميه بين آنچه هست و آنچه بايد مي‌شد فاصله بسيار است