آیت الله حسینی بوشهری درباره جریان انتخابات ریاست جمهوری فرمودند: شورای نگهبان به وظیفه ی خود برای بررسی صلاحیت نامزدها عمل می كند. اما وظیفه ی ما روحانیت با اینكه هنوز فضا كامل روشن نشده این ست كه تا آخر انتخابات بر روی مسله امام و رهبری كار كنیم كه ملاك نمره دادن به كاندیداها همین امر است.
مدیر حوزه های علمیه کل کشور خاطرنشان كرد: هر كاندیدایی كه به گفته ی امام و رهبری نزدیك تر باشد می تواند از مواردی باشد كه بتوان به آن رای داد. انشالله روز 24 خرداد بعد از اعلام آغاز راي گيري، شاهد حضوری خیره كننده و باشكوه و با عظمت، كه نشان دهنده ی شعور و فهم مردم به انقلاب اسلامی است خواهيم بود.
وی با اشاره به جریان توطئه سال88 گفت: توطئه هایی به گوش می رسد ولی با توجه به جریان سال88، هر جریانی كه بخواهد با ملت ما مقابله كند با تو دهنی سخت مردم مواجه خواهد شد. ملت ما ملتی عطوف و مهربان هستند ولی به مصداق آیه "محمدرسول الله اشدا علی الكفار" بی رحمانه با دشمنان نظام برخورد خواهند كرد.